Het 5^e Regiment Stoottroepen bestond uit dienstplichtigen uit het jaar 1947. Het was opgericht op 1 Oktober 1947 in Vught. Het verliet Nederland aan boord van de “Volendam” op weg naar Nederlands-Indië en kwam aan op 5 november 1947 in Batavia. Meteen bij aankomst werden de specialisten weg gehaald bij de Staf en ondersteuningcompagniëen en naar Oost Java gezonden om het Inf. XXIII KNIL te versterken. De rest van het bataljon werd verplaatst naar Makassar op Zuid Celebes waar het de verdere basistraining kreeg. In Januari 1948 werden 120 man gedetacheerd en toegevoegd bij de Militaire Politie 1-MPII. In plaatst daarvan werd de 2^e compagnie van het 5^e Garde Regiment Prinses Irene overgeplaatst naar het bataljon.
Op 25 Februari 1948 kwam het bataljon voor het eerst in een vuurgevecht rond Boeloe-Boeloe en Garasikang. Op 3 mei 1948 werd het bataljon overgeplaatst naar Java waar het werd toegevoegd bij de Tijgerbrigade en het 2-7^e Regiment Infanterie afloste in de omgeving van Ambarawa.
Tijdens de 2^e politionele actie had het bataljon aandeel in de verovering van Djokjakarta en de gevangenneming van de republikeinse leiders.
Het was het eerste Nederlandse bataljon dat via de lucht werd getransporteerd van Kalibanteng bij Semarang naar het vliegveld Magoewo bij Jokjakarta. Na inname van de stad werd het bataljon ingezet om deze veilig te stellen.
Na de tweede politionele actie werd de tijd doorgebracht met patrouilleren en bewaking van het gebied rond Djokjakarta.
Op 1 Maart 1949 viel de TNI Jokjakarta aan. De aanval die niet eerder werd afgeslagen dan na 6 uur zware gevechten.
Op 10 Maart 1949 nam het bataljon deel aan een actie rond Wonosari samen met het Korps Speciale Troepen, 5-5^e Regiment Infanterie en 5-6^e Regiment Infanterie. Hierna nam het bataljon de stellingen van 5-5^e Regiment Infanterie over in de omgeving Kalioerang, Tjebongan en Prambanan.
Op 29 juni 1949 werd Jokjakarta teruggegeven aan de republikeinen na druk van de verenigde Naties.
Het 1-15^e Regiment Infanterie was de eenheid die Djokjakarta verliet en vertrok naar Poerwaredja. Aan het eind van Oktober 1949 werd het bataljon overgeplaatst naar Semarang en ingezet voor bewakingsdienst.
Het bataljon bleef hier tot de repatriëring en verliet aan boord van de “Nelly op 7 April Nederlands-Indië en keerde terug in Nederland op 2 Mei 1950.